Fragmentos de citoplasma podem ser removidos através de sucção delicada, após a abertura de um furo na zona pelúcida (uma membrana que protege o embrião). Esse procedimento beneficia o desenvolvimento os pré-embriões com excesso de fragmentação. Certos tipos de fragmentos são facilmente removíveis, particularmente, aqueles que estão livres dentro do espaço peri-vitelino. Por outro lado, os fragmentos que estão ligados aos blastômeros (que não se soltaram completamente de suas superfícies) devem ser deixados intactos. A remoção de fragmentos é uma técnica que demanda tempo e paciência, contudo, não é preciso remover todos eles; um resultado final de 5 a 10% de fragmentação restante deve ser suficiente.
SEQUÊNCIA DE REMOÇÃO DE FRAGMENTOS

Em raras ocasiões ( < 1% dos pré-embriões manipulados ) os blastômeros podem ser danificados durante a remoção de fragmentos. Quando esse fato ocorre, o blastômero danificado deve ser removido. Taxas razoáveis de gravidez após biópsia de blastômeros sugerem que o desenvolvimento subseqüente do embrião não deve ser afetado pela retirada de um único blastômero. Durante o processo de congelamento/descongelamento, um ou mais blastômeros podem se degenerar e morrer. O material degenerativo resultante deve ser removido após o AHA. Isso permitirá a transferência apenas de embriões limpos do material que poderia impedir seu desenvolvimento. Os blastômeros mortos ou degenerados devem ser removidos logo após o descongelamento.